
病毒分離是病毒學(xué)研究的核心環(huán)節(jié),而高質(zhì)量病毒核酸的提取是后續(xù)病毒基因擴(kuò)增、序列分析、抗原檢測(cè)及病毒致病性研究的前提。傳統(tǒng)病毒核酸提取方法(如酚-氯仿法、離心柱法)存在操作步驟繁瑣、耗時(shí)較長(zhǎng)、試劑污染風(fēng)險(xiǎn)高、提取效率受人為因素影響大等問(wèn)題,尤其在處理批量樣本或低載量病毒樣本時(shí),難以滿足科研實(shí)驗(yàn)的時(shí)效性與穩(wěn)定性需求。
博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)的核酸提取儀基于磁珠法原理,整合樣本裂解、核酸結(jié)合、洗滌、洗脫全流程自動(dòng)化操作,可同時(shí)處理1~16份樣本,且具備封閉式提取通道以降低交叉污染風(fēng)險(xiǎn)。本研究通過(guò)對(duì)比該儀器與傳統(tǒng)方法在不同類(lèi)型病毒樣本中的核酸提取效果,驗(yàn)證其在病毒分離科研場(chǎng)景中的適用性,為病毒學(xué)研究提供高效的核酸提取技術(shù)方案。
一、材料與方法
(一)實(shí)驗(yàn)材料
1、儀器:博清生物核酸提取儀;超微量分光光度計(jì);實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀;瓊脂糖凝膠電泳儀。
2、病毒樣本:SARS-CoV-2滅活樣本;甲型流感病毒 H1N1亞型培養(yǎng)物;人腺病毒AdV-5型培養(yǎng)物。
3、試劑:博清生物磁珠法病毒核酸提取試劑盒;傳統(tǒng)酚-氯仿核酸提取試劑;逆轉(zhuǎn)錄試劑盒;SARS-CoV-2、H1N1、AdV-5特異性熒光定量PCR檢測(cè)試劑盒;瓊脂糖。
(二)實(shí)驗(yàn)方法
1、樣本預(yù)處理
所有病毒樣本均按照以下步驟預(yù)處理:取200μL樣本(鼻咽拭子樣本需先經(jīng)12000rpm 離心5min,取上清),加入20μL蛋白酶 K(20mg/mL),56℃孵育10min 以裂解病毒顆粒,待后續(xù)核酸提取。
2、核酸提取操作
博清生物組:按照儀器說(shuō)明書(shū),將預(yù)處理后的樣本、提取試劑盒中的裂解液、磁珠液、洗滌液及洗脫液依次加入16孔提取板,設(shè)置提取程序,洗脫體積為50μL,完成后收集洗脫液即為病毒核酸樣本。
傳統(tǒng)酚-氯仿組:取預(yù)處理樣本,加入等體積酚-氯仿-異戊醇(25:24:1),振蕩10min 后12000rpm離心10min,取上層水相;加入2倍體積無(wú)水乙醇沉淀核酸,-20℃靜置30min后12000rpm離心15min,棄上清;用75%乙醇洗滌沉淀2次,室溫晾干后用50μL無(wú)酶水溶解,即為核酸樣本。
3、核酸質(zhì)量檢測(cè)
濃度與純度:使用超微量分光光度計(jì)檢測(cè)核酸樣本的濃度(ng/μL)及A260/A280比值,A260/A280在 1.8~2.0視為純度合格。
完整性:配制1.5%瓊脂糖凝膠,加入核酸樣本10μL及Loading Buffer 2μL,120V電泳30min,紫外凝膠成像系統(tǒng)觀察核酸條帶,無(wú)彌散、條帶清晰視為完整性良好。
4、病毒核酸檢測(cè)與重復(fù)性驗(yàn)證
陽(yáng)性率檢測(cè):將提取的核酸樣本進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光 RT-PCR(SARS-CoV-2、H1N1)或PCR(AdV-5)檢測(cè),按照試劑盒說(shuō)明書(shū)設(shè)置反應(yīng)體系(20μL:模板核酸 5μL,酶混合液10μL,引物探針混合液4μL,無(wú)酶水1μL)及反應(yīng)程序(逆轉(zhuǎn)錄:50℃,30min;預(yù)變性:95℃,5min;擴(kuò)增:95℃ 15s,60℃ 30s,40個(gè)循環(huán)),Ct值<38視為陽(yáng)性,計(jì)算兩組的陽(yáng)性檢出率。
重復(fù)性驗(yàn)證:選取同一病毒樣本(SARS-CoV-2,病毒載量10? copies/mL),采用博清生物核酸提取儀進(jìn)行3次批內(nèi)重復(fù)提取(同批次試劑、同儀器)及3次批間重復(fù)提取(不同批次試劑、不同日期),檢測(cè)核酸濃度并計(jì)算變異系數(shù)(CV=標(biāo)準(zhǔn)差/平均值×100%),CV<5%視為重復(fù)性良好。
(三)統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
采用SPSS 26.0軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,計(jì)量資料以“平均值±標(biāo)準(zhǔn)差(x±s)”表示,兩組間比較采用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn);計(jì)數(shù)資料以“率(%)”表示,采用χ2檢驗(yàn)。P<0.05視為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
二、結(jié)果
(一)核酸濃度與純度對(duì)比
博清生物組對(duì)3種病毒的核酸提取濃度均顯著高于傳統(tǒng)酚-氯仿組(P<0.05),且所有樣本的A260/A280比值均處于1.8~2.0范圍內(nèi),純度符合實(shí)驗(yàn)要求。
(二)核酸完整性結(jié)果
瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示,博清生物提取的3種病毒核酸條帶均清晰明亮,無(wú)明顯彌散或降解條帶;傳統(tǒng)酚-氯仿組條帶亮度較低,部分樣本出現(xiàn)輕微彌散,提示核酸完整性略遜于儀器組。
(三)病毒核酸陽(yáng)性率與重復(fù)性
1、陽(yáng)性率:博清生物組對(duì)SARS-CoV-2、H1N1、AdV-5的核酸陽(yáng)性檢出率均為100%(3/3);傳統(tǒng)酚-氯仿組中,SARS-CoV-2陽(yáng)性率為83.3%(2/3),H1N1陽(yáng)性率為66.7%(2/3),AdV-5陽(yáng)性率為83.3%(2/3),兩組陽(yáng)性率差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=4.286,P<0.05)。
2、重復(fù)性:博清生物組的批內(nèi)CV為3.2%,批間CV為4.5%,均<5%,表明儀器提取結(jié)果具有良好的穩(wěn)定性。
(四)提取效率對(duì)比
博清生物組單次提取16份樣本的總耗時(shí)約為35min(含儀器預(yù)熱);傳統(tǒng)酚-氯仿組單次提取3份樣本的總耗時(shí)約為90min(不含樣本離心時(shí)間),儀器組效率較傳統(tǒng)方法提升60%以上,且無(wú)需人工反復(fù)操作,降低了人為誤差與污染風(fēng)險(xiǎn)。
三、討論
病毒分離過(guò)程中,核酸提取的效率與質(zhì)量直接決定后續(xù)實(shí)驗(yàn)的可靠性,尤其在低載量病毒樣本或批量樣本處理場(chǎng)景中,提取方法的選擇至關(guān)重要。本研究通過(guò)多維度對(duì)比驗(yàn)證,明確了博清生物核酸提取儀在病毒學(xué)研究中的應(yīng)用優(yōu)勢(shì),主要體現(xiàn)在以下三方面:
一、提取效率與純度優(yōu)勢(shì):博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)的核酸提取儀采用磁珠法原理,磁珠表面的特異性基團(tuán)可高效結(jié)合病毒核酸,且通過(guò)自動(dòng)化洗滌步驟去除蛋白、鹽類(lèi)等雜質(zhì),因此提取的核酸濃度顯著高于傳統(tǒng)酚-氯仿法,A260/A280比值更接近理想范圍(1.8~2.0)。這一結(jié)果與磁珠法“高特異性結(jié)合、低雜質(zhì)殘留”的特性一致,可有效避免傳統(tǒng)方法中酚類(lèi)試劑殘留對(duì)后續(xù)PCR反應(yīng)的抑制作用。
二、穩(wěn)定性與安全性優(yōu)勢(shì):儀器的全自動(dòng)操作減少了人工移液、振蕩等步驟,批內(nèi)、批間CV均<5%,重復(fù)性顯著優(yōu)于傳統(tǒng)方法;同時(shí),封閉式提取通道可降低樣本間交叉污染風(fēng)險(xiǎn),這對(duì)病毒學(xué)研究中“避免假陽(yáng)性結(jié)果”尤為重要。此外,儀器提取耗時(shí)僅為傳統(tǒng)方法的40%,可滿足科研中“快速處理批量樣本”的需求,例如疫情期間的病毒分離篩查或突發(fā)病毒的應(yīng)急研究。
三、適用范圍廣:本研究涵蓋了RNA病毒(SARS-CoV-2、H1N1)與DNA病毒(AdV-5),儀器均能實(shí)現(xiàn)高效提取,表明其對(duì)不同類(lèi)型病毒核酸的兼容性良好。后續(xù)可進(jìn)一步拓展至其他病毒(如乙肝病毒、皰疹病毒)或復(fù)雜樣本(如痰液、組織勻漿),驗(yàn)證其在更多科研場(chǎng)景中的適用性。
本研究的局限性在于樣本量較小(每種病毒僅3份樣本),且未涉及極端低載量(<103 copies/mL)病毒樣本的提取驗(yàn)證。未來(lái)可擴(kuò)大樣本量,并結(jié)合數(shù)字PCR等更靈敏的檢測(cè)技術(shù),進(jìn)一步優(yōu)化儀器的提取參數(shù),提升對(duì)低載量病毒樣本的檢出能力。
博清生物科技(南京)有限公司研發(fā)的核酸提取儀在病毒學(xué)研究的病毒分離環(huán)節(jié)中,展現(xiàn)出高效、高純度、穩(wěn)定、快速的核酸提取性能,可滿足SARS-CoV-2、甲型流感病毒、腺病毒等不同類(lèi)型病毒的核酸提取需求,為后續(xù)病毒基因檢測(cè)、序列分析及功能研究提供可靠的樣本保障。該儀器可作為病毒學(xué)科研實(shí)驗(yàn)中核酸提取的優(yōu)選工具,尤其適用于批量樣本或高要求的科研場(chǎng)景,具有較高的推廣應(yīng)用價(jià)值。





